大學日間部
本系自91學年度起成立生物資訊研究所碩士班，92學年度開始招收大學部及碩專班，博士班則成立於96學年度，自104學年度起更改系名為「生物資訊與醫學工程學系」。
本系大學部課程安排包含以院為教學核心課程（12學分，全系必修）、系核心課程（36學分，全系必修，含生物、化學、資訊、數學等不同領域之基礎課程），課程安排兼具基礎性以及深入性，其中更包含跨領域之元素，以其學生畢業後能具備跨領域之技能。
104-105學年度系專業學程分為：生醫資訊學程（24學分，生醫資訊組必修）、醫學工程學程（24學分，醫學工程組必修）。
106-110學年度系專業學程分為：生醫資訊學程（27學分，生醫資訊組必修）、醫學工程學程（27學分，醫學工程組必修）。
111學年度起系專業學程更改為：精準醫療學程（27學分，生醫資訊組必修）、智慧醫材學程（27學分，醫學工程組必修）。
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大學日間部
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雙主修
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輔系
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碩士班
本系碩士班修課規定
(一)畢業所需學分數：
最低畢業學分為 30 學分，105學年後入學畢業學生則為27學分(含專題討論 3 學分及碩士論文3學分)，學生畢業需通過畢業論文或技術報告。
(二)選修科目：
研究生需選修專業課程至少21學分，如需至資電學院或醫健學院各系修習課程，以2科6學分為限，並需指導教授同意且填寫「教務處--課程學分 認定申請單」後，方可至本校他系碩士班修習相關課程。
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碩士在職專班
本系碩士在職專班修課規定
(一)畢業所需學分數：
最低畢業學分為 30 學分學生畢業需通過畢業論文或技術報告。
(二)選修科目：
研究生需選修專業課程至少21學分，如需至資電學院或醫健學院各系修習課程，以2科6學分為限，並需指導教授同意且填寫「教務處--課程學分 認定申請單」後，方可至本校他系碩士班修習相關課程。
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博士班
本系博士班修課規定
(一)入學後必須選修並通過本所 3 學分的專題討論。
(二)至少需修滿本系博士班 15 學分課程，不含專題討論及博士論文
(三)博士學位考試前最低門檻，需繳交一篇 SCI 級論文或一篇 EI(期刊)級論文搭配 一篇 EI(研討會)級論文接受函或發表證明，指導教授不需為通訊作者，扣除指 導教授外學生需為第一作者。
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