各學制課程規劃
本系自91學年度起成立生物資訊研究所碩士班，92學年度開始招收大學部及碩專班，博士班則成立於96學年度。大學部自99學年度起採學籍分組方式分為生物資訊及醫學資訊兩組，自104學年度起更改系名為「生物資訊與醫學工程學系」。
本系大學部課程安排包含以院為教學核心課程（15學分，全系必修）、系核心課程（33學分，全系必修，含生物、化學、資訊、數學等不同領域之基礎課程），課程安排兼具基礎性以及深入性，其中更包含跨領域之元素，以其學生畢業後能具備跨領域之技能。
學籍分組方式分為：104-105學年度生醫資訊學程（24學分，生物資訊組必修）、醫學工程學程（24學分，醫學工程組必修）。106-107學年度生醫資訊學程（27學分，生物資訊組必修）、醫學工程學程（27學分，醫學工程組必修）。
各學制歷年課程規劃如下：
| 學年度 | 大學部 | 碩士班 | 碩專班 | 博士班 | |
| 105 |
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（全英） |
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（全英） |
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| 106 | |
（全英） |
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（全英） |
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| 107 | |
（全英） |
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（全英） |
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（全英） |
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（全英） |
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| 109 |
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（全英） |
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（全英） |
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亞洲大學生物資訊與醫學工程學系輔系雙主修學程
105 輔系學程 雙主修學程
106 輔系學程 雙主修學程
108 輔系學程 雙主修學程
109 輔系學程 雙主修學程
